La región donde se asienta el municipio pertenecía al cacicazgo de teocaltech (que después derivaría en Teocaltiche, otro municipio de los Altos de Jalisco). Hacia el siglo VI se tuvo la presencia de indios Toltecas; alrededor del siglo XII dominaron los Chichimecas y un poco después se dio el arribo de la gran peregrinación de los Nahoas. Posteriormente la región estuvo poblada por tribus de Tecuexex, Zacatecos y Huachichiles.El área formo parte de la denominada "Gran Caxcana", cuyos moradores fueron ampliamente conocidos por su belicosidad, que siempre fue objeto de problemas para la administración de la Nueva Galicia, por los frecuentes enfrentamientos, robos y asaltos de se proporcionaban. Esto fue particularmente notorio en la región un poco mas adelante, debido al transito natural de mercancías y minerales provenientes del norte del país que se destinaban a  Guadalajara.Por material extraído bajo la supervisión del Dr. Marco Antonio Hermosillo Sandoval, en 1998, se sabe que los principales asentamientos se encuentran en donde actualmente se conoce como El chimote, Custique, El Cerrito Colorado, El Gavilán de Abajo, El Chilarillo, la presa de Juiquinaque, Tepuzco, el Cerrito de Abajo y El Ocote Aguascalientes.La conquista de la zona tuvo lugar alrededor de marzo de 1530 y el primer español llego a estas tierras fue Pedro Almìnidez Chirinos, quien luego de cruzar la región de los Altos e internarse en la Sierra de Comanja, reencontró el camino que lo llevaría a Zacatecas, hacia el Norte. Posteriormente arribaría el Capitán Cristóbal de Oñate, enviado al igual que Almidez por Nuño de Guzmán. El primer encomendad ero del poblado fue Miguel de Ibarra.Durante la conquista y colonización, la región formo parte de la Alcaldía Mayor de Teocaltiche. Luego de la fundación de la Villa de Aguascalientes por Juan de Montoro y otros en 1575, el lugar donde se asienta Villa Hidalgo era un punto de descanso para los Viajeros que transitaban hacia Guadalajara, tocando Teocaltiche, Nochistlan y Yahualica, pasando por las Barrancas. Posteriormente también se le conocería como punto de descanso de las "cuerdas" que llevaban reos de la zona norte hacia Guadalajara.Según don Benito Esparza, a quien le fue encomendada la realización de una especie de censo estadístico en el año de 1878, la fundación del poblado ocurriría alrededor de 1732. Sin embargo, las primeras referencias que se tienen datan de 1738, cuando alrededor de un mesón o posada comenzaron a levantarse algunas casas, donde se establecieron unas cuantas familias que abandonaron el lugar y volvieron a el unos ocho años después.La tradición oral cuenta que el pueblo fue fundado por tres hermanos españoles apellidados "Soto", que procedían del norte de la Republica y que edificaron sus casas al sur de lo que hoy es el centro de la ciudad.Posteriormente se edificaron nuevos hogares dando origen a la población en el lugar en donde hoy se localiza. Las calles se trazaron con buen alineamiento y buena simetría, dando lugar a un poblado de calles rectas y bien trazadas, pese al poco conocimiento que se tenia de las técnicas de construcción.Se desconoce la fecha exacta de la constitución de lo que hoy es Villa Hidalgo como municipio, pero se sabe que consumada la independencia de México, el General Luis Quintanar Bocanegra y Ruiz, Capitán General y Jefe Político Superior de la provincia de la Nueva Galicia, dispuso la creación de varios ayuntamientos en la zona, entre el 20 de octubre de 1822 y 21 de julio de 1823, entre los cuales seguramente se encontraba este. No obstante, es hasta el 3 de Noviembre de 1869 cuando el Congreso del Estado de Jalisco emite un decreto donde constituye como Municipio a Paso de Soto.
El nombre de Paso de Soto no seria el primero ni el último que tuviera el hoy Villa Hidalgo. La condición de parada de descanso para los viajeros que ofrecía el poblado fue motivo para que se le conociera como "Paso de las Carretas", que al parecer fue su nombre original y que fue sustituido luego por "Paso de Esparza" y luego por el de "Paso de la Santísima Trinidad de los Soto", tal vez en honor a la fe profesada por los tres hermanos fundadores. El nombre habría de sufrir dos transformaciones más. durante el gobierno Juarista fue simplificado a "Paso de Soto" debido a la prohibición Expresa de que se impusieran nombres de santo o a referencias religiosas a los pueblos y ciudades. Finalmente, el 30 de mayo de 1922, mediante el decreto numero 2153, se le rebautiza como "Villa Hidalgo" en honor al Padre de la Patria Don Miguel Hidalgo y Costilla, que se cree pernocto en el poblado luego de la derrota sufrida en Puente de Calderón.